El GNS3 en Ubuntu por defecto utiliza la x terminal y tiene esta instrucción:
xterm -T %d -e 'telnet %h %p' >/dev/null 2>&1 &
Para utilizar la terminal gnome en GNS3 solo es necesario cambiar la anterior instrucción por:
gnome-terminal -t %d -e 'screen -L telnet %h %p' >/dev/null 2>&1 &
Con lo cual se cargara la terminal gnome para la configuración de los dispositivos de red.